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Zwischen diesen großen Landmassen lagen inselartige Mikrokontinente (Terrane) wie Armorica. Im Ordovizium und Silur brachen infolge von Grabenbildung nacheinander die Mikrokontinente Avalonia und die zersplitterte Armorica-Terrangruppe vom Nordrand Gondwanas ab. Im frühen Ordovizium löste sich das Avalonia-Band-Terran (dem die Einheit des Moravikums zugeschrieben wird) vom westlichen Amazonia-Bereich Gondwanas und driftete nordwärts Richtung Baltica, wodurch sich der Rheische Ozean öffnete. Nachdem Avalonia an Baltica angedockt hatte, drifteten sie gemeinsam nach Laurentia, wodurch der Iapetus-Ozean geschlossen wurde und es zur Kaledonischen Orogenese kam. Der neu entstandene Kontinent heißt Laurussia.

Im Devon löste sich die Armorica-Terrangruppe (dem die Einheit des Moldanubikums zugeschrieben wird) vom afrikanischen Teil Gondwanas und driftete nordwärts Richtung Laurussia. Nach der Subduktion des Rheischen Ozeans zwischen Gondwana und Laurussia kam es zur Kontinent-Kontinent-Kollision. Diese führte zu komplexen geologischen Prozessen wie Subduktion, Überschiebung, Faltung, Metamorphose, Plutonismus und Deckenstapelung.

Das Variszische Gebirge erstreckte sich quer über den ganzen Kontinent von West nach Ost. Die Böhmische Masse ist ein Relikt dieses Gebirges und bildet das kristalline Grundgebirge. Die Gesteine des Waldviertels befanden sich am östlichen Rand des Gebirges. Das Moldanubikum, das in der ehemaligen Kernzone des Gebirges lag, wird heute von stark metamorphen Gesteinen dominiert.

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Perm von Zöbing:

Sobald das Gebirge entstanden war, begann auch schon seine Abtragung und Verwitterung. Im trocken-heißen Wüstenklima des Perms wurde der Gesteinsschutt des Gebirges in den Ebenen des Vorlandes in riesigen Schwemmfächern abgelagert. Diese Ablagerungen blieben bis heute nur in geologischen Gräben erhalten. Einer dieser Gräben ist der heutige Heiligenstein in Zöbing.